合作社的注册是在工商局。注册需要的材料和条件，按照合作社的注册流程来准备就行。
一、登记前的准备工作
1. 起草章程
章程的主要内容包括名称、住所、业务范围，成员权利和义务等方面。(网上有很多范本)。
2. 发展成员
成员数必须要有5人以上（含5人），且农民成员不低于80%，团体（单位）成员不超过20%。
3. 召开设立大会
设立时自愿成为该社成员的人为设立人。
二、登记
依法登记是农民专业合作社开展生产经营活动并获得法律保护的重要依据。合作社的设立人申请登记时应当向登记机关（工商局）提供如下文件和资料：
①登记申请书（工商登记窗口有格式申请登记申请书，可当场索取填写）
②全体设立人签名、盖章（团体成员）的设立大会纪要。
③全体设立人签名、盖章（团体成员）的章程。
④法定代表人、理事的任职文书（全体设立人签字认可）及身份证明。
⑤全体出资成员签名盖章的出资清单，出资应明确具体是人民币出资还是以土地、房屋、技术等折价出资。
⑥全体成员的身份证复印件
⑦住所使用证明。合作社以成员自有场所作为住所，应当提交该社有权使用的证明和场所的产权证明，租用他人场所应当提交租赁协议和场所产权证明，如农村房屋没有产权证明的可由村委会出具证明。
⑧法定代表人签署的成员名册，指定代表或委托代理人证明及名称、预先核准通知书，以上工商登记部门均有空白表格直接填写即可。
⑨登记前置许可文件。主要是特定的行业业务范围涉及前置许可的须提交。如棉花加工，需发改部门颁发的棉花加工许可证。
三、备案
合作社经依法登记后，法人代表应将合作社营业执照复印件及相关材料（合作社简介、章程、会议纪要、理事任职文件、法人代表任职文件、监事任职文件、出资清单、租房协议、成员联系电话）报市农民专业合作社指导站备案。
四，自2015年10月1日起，三证合一，也就是说营业执照、组织机构代码、税务登记是一个证了。