首先在合同主体方面，行政合同的当事人一方必定是行政主体，另一方是行政管理的相对人。双方的权利地位是不平等的，是管理与被管理的关系。而民事合同的双方当事人的法律地位是平等的，一方不得将自己的意志强加给另一方。其次在合同成立的原则方面，行政合同的双方意思表示一致是行政要求前提下的自愿和对等。行政主体在行政合同的缔结过程中处于优先要约的地位，行政管理的相对人如果自愿同行政主体缔结合同就意味着要服从它的管理和监督，履行某些先合同义务。签订合同后，即使在具体的合同中未规定行政特权条款，也应视为其已经就上述内容与行政机关协商一致。而民事合同，充分保护契约自由，必须以当事人双方意思表示一致为前提，任何单位和个人不得非法干预。最后在合同的履行、变更或解除方面。由于行政合同双方当事人不具有完全平等的法律地位，行政机关享有行政优益权，行政机关可以根据国家行政管理的需要，单方依法变更或解除合同，行政管理的相对人则不享有此种权利。而民事合同，一旦依法成立，对当事人双方都具有法律约束力，当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。由上述可见民法中的平等主体、意思表示一致、契约自由等原则并不能完全适用于行政合同，但它们体现出来的基本原则仍是行政合同的精髓之所在，是行政合同区别于行政命令、行政处罚、行政强制措施等其他行政行为的重要标志。