包庇纵容黑社会性质组织罪立案标准是:本罪是行为犯,只要国家机关工作人员实施了包庇黑社会性质的组织、纵容黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为,原则上就构成犯罪,应当立案追究。《刑法》第二百九十四条组织、领导黑社会性质的组织的,处七年以上有期徒刑,并处没收财产;积极参加的,处三年以上七年以下有期徒刑,可以并处罚金或者没收财产;其他参加的,处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利,可以并处罚金。 境外的黑社会组织的人员到中华人民共和国境内发展组织成员的,处三年以上十年以下有期徒刑。 国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织,或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的,处五年以下有期徒刑;情节严重的,处五年以上有期徒刑。 犯前三款罪又有其他犯罪行为的,依照数罪并罚的规定处罚。