购回迁房协议公证有效。购买回迁房时，要先审查回迁房的真实性。该真实性既包括回迁房是否存在，是否是小产权房屋，以及审查出卖人的身份信息，出卖人是否具有回迁协议，回迁协议是否真实等。要注意到该房产是否存在其他共有人或者是否存在抵押等限制情形。其次，购买回迁房可以分期付款或者将房款提存给公证处，等房产证办下来之后，由公证处支付房款。比如签订以产权过户时支付房款的附期限买卖合同对购买人比较有利。

法律依据

根据《公证法》第二条规定，公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。