（1）在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。
也可针对工程实际情况具体处理，如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；
有些工期较长，如跨年度工程，其预付款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。
（2）从未完施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重抵扣工程预付款，至竣工之前全部扣清。
其中，起扣点的计算公式如下：
T=P-M/N式中T——起扣点，即工程预付备料款开始扣回时的累计已完成工程价值；
M——工程预付款数额；
N——主要材料及构件所占比重；
P——承包工程合同总额。

法律依据：《建设工程合同司法解释》

第二十条

当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。