专利使用费该由谁付可以协商解决，看专利有谁所有。所有权者缴纳专利费用。如果原公司已经取得专有使用权，就无需再支付专利费用。具体要看你们原来实施的专利使用合同是怎么规定的，使用范围如果没有涉及分公司，建议还是先协商。俩个分立的公司进行协商，可以自行协商，也可以共同与该外国公司协商，确定如何支付专利使用费，没有协商确定的话，那么双方均需要支付专利使用费。该使用费用的承担要看你们签订的许可合同。在没有合同的前提下，做出初步分析：公司分立，原公司的债权债务关系由新公司承担，因此专利许可费应当由分立后的两个公司分担，两者承担连带责任，该外国公司可以向其中任何一家或同时向两家主张全部专利许可费用;至于分立后的两家公司的内部分担比例，由两者自行约定。再次说明，上述分析在未见合同的基础上作出，建议聘请律师在详细了解相关情况后做出说明。两公司之间可以协商由谁支付，但两公司对外承担连带责任，该外国公司可向其中任意一公司索要。这只是初步判断，具体还要看外国公司与这两公司之间的合同约定。专利使用费的支付方式1.一次总算，包括一次总付和分期支付两种具体方式。这是指合同中约定被许可人应支付给许可人的使用费总额。①对于专利权人来说，可以一次性取得使用费，经济利益有切实的保障。哪怕被许可人不能实现经济利益，也不影响。但是，如果被许可人实施其专利技术后效益很好，获利甚巨时，专利权人也不能分享，更何况确定使用费总额时有可能没有发现其价值而估价偏低，则其利益损失较大。②对于被许可人来说，虽然在一次付款后，今后的利润均归自己，但是在未实现利润前就付出使用费，被许可人经济上压力较大。另外，由于专利实施具有一定的风险性，如果产生不了一定的效益，则被许可人的投资损失较大，而专利权人已取得使用费，不再与其共担风险，且可能不再关心被许可方的生产经营。因此，一次总算对于被许可人来说是不利的，一般情况下不宜采用。2.提成支付，是指专利权人通过一定的比例从被许可人实施专利后的收益中提取使用费。①对于专利权人来说，许可他人实施后，并不能立即得到使用费，以往的各项投资和费用不能马上收回。其利益的实现取决于被许可方的实施情况，因此同样具有不稳定性，而且专利权的收益取决于被许可方的生产成绩。这就需要专利权人检查、监督其会计帐目，又增加了专利权人取得使用费用的难度和不稳定性，增添了专利权人的工作量。因此，这种支付方式是专利权人所不宜采用的。②对于被许可方来说是非常有利的，不仅在实施前不必投更大的资金，减轻其资金负担，而且促使专利权人关心本企业的生产经营，在技术、销售各方面提供指导和帮助。有些企业还可以通过帐目的处理减少计算提成费的计算基数(当然这是非法的)。3.入门费加提成，这是协调合同双方利益的最佳方式，是专利实施许可合同实务中最普遍的做法。入门费是合同生效时被许可方向专利权人支付的部分使用费，一般包含专利权人为获得专利权和维持专利权有效所付出的一切费用、专利权人的适当报酬和利润，使专利权人在许可他人实施专利后不论实施情况如何，均能有稳定的收入，以保证其利益，而又不致使许可人难以承受。提成是专利权人按照合同约定的比例提取的使用费的另一部分。