违约金约定过高时,确定赔偿数额的方式是,可由当事人根据一方实际所遭受的损失协商确定。如果协商不成的,当事人可以通过起诉或申请仲裁的方式,请求法院或者仲裁机构根据当事人的实际损失合理确定。

法律依据

根据2021年1月1日起施行生效的《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金,也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的,违约方支付违约金后,还应当履行债务。