事业单位审计的重点年度财务会计报表和部门决算报表，具体包括资产负债表、收入支出表和附表、部门决算报表主表、部门决算报表附表、填报说明和分析报告等。
审计分技术性和政策性审核两部分。
技术性审核，主要看报表的完整性、真实性、表内关系是否平衡、与账证是否相符。
如财务报告编制依据是否有不一致，财务报告是否不真实问题。
政策性适合，则涉及审计人员对政策把握的宽度和深度。
如违规使用发票；违规收费；违规截留、挪用、使用资金；应缴未缴预算收入；预算外资金往来款长期挂账、专项资金结余、事业单位经营收支结余未单独核算、招待费超支等，都是问题。
此外，一些审计现在也进行绩效评价，就是对事业单位资金效益进行评价，给出建议等。