自然人独资公司转让股权流程是:1、股东按照公司章程和法律规定签订股权转让协议;2、公司注销原股东的出资证明书,向新股东签发出资证明书;3、修改公司章程和股东名册,办理变更登记。

法律依据

《中华人民共和国公司法》第七十三条依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后,公司应当注销原股东的出资证明书,向新股东签发出资证明书,并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。