股权转让协议属于合同,因此在股权转让协议纠纷中,如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的,应适用其约定;没有约定或约定不明,应适用法律规定,即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

法律依据

《民事诉讼法》第三十四条合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖,但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。第二十三条因合同纠纷提起的诉讼,由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。