(一)会计电算化对审计准则和审计依据的影响。各国的审计界在以往的审计工作中已经建立了一系列的审计标准和准则，如审计人员标准、现场作业标准、审计报告标准、职业道德规范等等。由于会计电算化的新特点，需要针对新的特点制定相应新的工作标准，这些新的工作标准，也构成了会计电算化信息系统条件下新的审计依据。面对日茸发展的会计电算化系统，应加快制定有关针对性的审计标准和准则，建立一系列与新情况相适应的审计标准和准则，包括系统设计、开发、运行等标准以及相适应的内部控制制度，以规范会计电算化审计，维护审计的独立性、客观性和公正性。(二)会计电算化对审计风险的影响。会计电算化环境下，传统的会计岗位职责被打破，内部控制制度发生了变化，安全已不是企业内部所能完全控制的。以数据库为基础的实时审计发展使审计风险中包含的固有风险、控制风险、检查风险日益复杂化。由于会计数据处理的电算化，在计算机辅助系统的控制下，固有风险基本得到控制，但是由于网络会计模式的开放性和会计信息资源的共享性，会计资料被非法修改和窃取的可能性增加了，会计信息被他人非法拷贝和篡改、会计数据在传输过程中被竞争对手截取和恶意修改等使得会计数据的安全、完整性控制难以保证;同时，计算机病毒和网络黑客也在危害着会计信息的安全。因此，控制风险更难确定。在电算化会计条件下。会计资料是存储在磁性介质上的，修改起来不留痕迹，因此舞弊行为较难发现，从而增加了审计人员的检查风险。(三)会计电算化对内部控制的影响。现代审计是以评价内部控制度为基础的抽样审计，即审计人员把对被审单位内部控制的审查和评价作为制定审计方案和决定抽查范围的依据。在电算化会计系统中，会计信息的处理和存贮高度集中于计算机，使手工会计系统中的某些职责分离，牵制力下降。如在手工方式下，内部控制中帐证相符、帐帐相符、帐表相符等一系列核对控制措施，基本上都是由手工处理完成的。但实施电算化后，凭证即是帐，帐即是凭证，二者的区别不过是数据排列方式的改变而已，也就是说不存在帐证不符的问题。会计系统内部的这些控制，尤其是程序化控制，是企业实行会计电算化后审计工作面临的新课题。美国注册会计师协会(AICPA)认为：如果客户在其会计系统中使用了电子数据处理，无论是简单的还是复杂的，审计人员都要充分了解整个系统，并能识别和评价系统的基本会计控制的特点。因此，作为审计人员必须全面了解电算化系统的特点和风险，掌握会计电算化系统的控制目标、应有的内部控制及审查方法。程序化控制是指在编写应用程序中由计算机执行的控制，其审查实际上是对系统应用程序控制功能的审查，一般要利用计算机进行审查。对电算化会计信息系统内部控制的弱点，审计人员要心中有数，发现问题应及时向被审单位提出。(四)会计电算化对审计线索的影响。在传统的手工会计系统中，审计线索非常清楚，从原始凭证到记账凭证，由过账到财务报表的编制，整个财务处理过程由不同职责分工的人员来共同完成，每一步都有文字记录和经手人签字，这些书面资料为审计提供了清晰的线索，审计人员在对会计报表进行审计时就可以根据需要对这些审计线索进行顺查或逆查、详查或抽查。而在会计电算化系统中，传统的账簿没有了，取而代之的是磁介质，这些磁介质上所存储的会计资料不能为肉眼所直接识别，修改不留痕迹。同时，由于数据处理过程的自动化，业务数据进入计算机系统之后，全部会计处理均由计算机按程序指令自动生成，传统的审计线索在这里中断了、消失了。传统的查账方法。对电算化的会计个体已不完全适用。为此，在电算化会计系统的设计和开发时必须注意要留下充分的审计线索，使审计人员能顺利完成审计任务。例如，要留下每笔经济业务的详细记录，而不能只留下更新后的当前余额。暂存文件，则应拷贝，以便查寻。(五)会计电算化对审计技术的影响。在手工会计处理的条件下，审计可根据具体情况进行顺查、逆查或抽查。审查一般采用审阅、核对、分析、比较、调查和证实等方法。所有审查工作都是由人工完成的。在会计电算化条件下，会计的特点决定了审计技术的改变。对电算化会计信息系统的审计，如果仍然采用常规的手工系统的那一套审计技术，就不可能达到审计的目的。由于审计的内容扩大到电算化系统程序、系统的设计与开发、数据文件等方面，迫使审计人员在采用传统各种审计技术的同时，采用计算机辅助审计技术，用日益先进的计算机审计软件去对付单机、网络、多用户等各种工作平台下的会计软件。(六)会计电算化对审计内容的影响。在手工条件下，审计内容主要是对人的审查，采用的方法主要是对纸面信息进行核对和检查。责任容易确定，结果也较直观。在计算机审计的条件下，审计人员应该从查核财务会计报表及账簿记录的真实性和正确性的基础上，把重点放到被审计单位所用信息系统是否合法、合规和第一次输出的信息是否真实、正确，以及当运行环境发生变化，或经过系统维护后，输出信息的真实性、正确性上。