农村宅基地房屋动迁补偿纠纷处理方式如下:1、和征收方的外部补偿纠纷。和征收方的外部纠纷,可以通过谈判、申请协调、裁决、行政复议、行政诉讼等途径来解决。2、关于补偿款、安置房等内部分配纠纷。内部分配纠纷,则主要通过协商解决,协商不成,可以诉讼到法院,请法院来判决。根据2021年实施的《民法典》第三百五十二条的规定,建设用地使用权人建造的建筑物、构筑物及其附属设施的所有权属于建设用地使用权人,但是有相反证据证明的除外。