纪委移送检察院的案件,纪委对法院判决不服时,可以向检察院申诉。《刑事诉讼法》第三条第一款的规定:对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审,由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉,由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外,其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。这就是说,党员涉嫌犯罪,只能由法院、检察院、公安机关依法行使第三条第一款规定的权力进行处置,党组织无权行使相关的权力。根据《刑事诉讼法》第六条规定:人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼,必须依靠群众,必须以事实为根据,以法律为准绳。对于一切公民,在适用法律上一律平等,在法律面前,不允许有任何特权。所以,涉嫌犯罪的党员,在适用《刑事诉讼法》上,是不允许有任何特权的。对涉嫌犯罪的党员,进入刑事诉讼程序。因此,纪委对法院判决不服时,只能向检察院提起申诉。