农民工工资保证金由施工方缴纳。依据相关规定,农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。如果已存入工资保证金的建筑施工企业,确因资金周转困难无法按时支付给农民工工资的,劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付。

法律依据

《农民工工资保证金管理暂行办法》第六条 农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。建设单位在拨付工程价   款时,按第十条规定比例单独开列合同建筑企业农民工工资保证金支票, 直接转入农民工工资保证金专户企业帐户,所转入资金列入已支付工程款。《农民工工资保证金管理暂行办法》第十三条已存入工资保证金的建筑施工企业,确因资金周转困难无法按时支付农民工工资,劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付,建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200%补存。