妨害植物防疫罪立案标准是:1、非法处置疫区内易感产品,货值金额五万元以上的;2、非法处置因植物防疫、检疫需要被依法处理的动植物或者其产品,货值金额二万元以上的;3、其他情节严重的情形。

法律依据

《中华人民共和国刑法》第三百三十七条违反有关动植物防疫、检疫的国家规定,引起重大动植物疫情的,或者有引起重大动植物疫情危险,情节严重的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金。单位犯前款罪的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依照前款的规定处罚。