《民法典》中确定合同违约的损失赔偿额的方式是:如果合同中有约定因违约产生的损失赔偿额计算方法就按照约定;没有约定的,可以凭借相关的款项单据,书面证据来佐证,达成双方协商一致;如果双方就实际损失金额,不能达成协商一致的,可以向法院起诉,由法院审查后进行判决。

法律依据

《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金,也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的,违约方支付违约金后,还应当履行债务。