首先,对申请人提起职能管辖权异议的,不涉及到法院的,正在进行管辖的侦查机关将此异议移交同级法院审查,异议成立的,同级法院裁定将案件移送有管辖权的侦查机关处理,异议不成立的,驳回当事人的申请。

其次,对申请人提起审判管辖权异议以及涉及到法院的职能管辖权异议的,正在进行管辖的司法机关的上一级法院经过审查后,应当用裁定书认可管辖权异议成立并作出移送案件的裁定,或用裁定书驳回异议。

【法律依据】

《民事诉讼法》第一百二十七条规定,人民法院受理案件后,当事人对管辖权有异议的,应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议,应当审查。异议成立的,裁定将案件移送有管辖权的人民法院;异议不成立的,裁定驳回。当事人未提出管辖异议,并应诉答辩的,视为受诉人民法院有管辖权,但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。