1、覆盖对象不同:农村合作医疗只有农民可以参与,必须以家庭为单位参加。城镇职工医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金,是国家为了补偿劳动者因为疾病受到经济损失给予的保障。2、缴费方式不同:农村合作医疗属于自愿参加,农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持或者政府资助相结合的方式,收费标准有每年100-500元档次,各个地方根据自身情况来设定档次。城镇职工基本医疗保险是用人单位和职工共同缴纳的,用人单位缴费率应该控制在职工总额6%左右,职工缴费率个人工资的2%。3、待遇不同:农村合作医疗费用补助,不同级别的医疗机构补助费用有所差异,补助比例是不同的。城镇职工基本医疗保险是参保人员除了享受个人账户费用门诊之外,还可以享受住院医疗,大病补助以及特殊病种医疗费用的待遇。