用人单位可以在规章制度中规定职工上班迟到的予以罚款,但罚款金额只能在工资中予以扣除。若是严格确执行罚款的主体,那么就只有行政机关才拥有罚款的权力,用人单位不得约定罚款的条款。

法律依据

《劳动合同法》第四条第一、二项用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度,保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时,应当经职工代表大会或者全体职工讨论,提出方案和意见,与工会或者职工代表平等协商确定。