工程借款纠纷可以通过和解、协商、仲裁、诉讼处理。当事人可以通过和解或调解解决工程借款纠纷纠纷;和解、调解不成的,可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁;当事人没有订立仲裁协议的,可以向人民法院起诉;当事人对发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书拒不履行的,对方可以请求人民法院执行。

法律依据

《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷,可以仲裁。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷,适宜调解的,先行调解,但当事人拒绝调解的除外。