建筑施工企业分公司，要在注册地依法申报纳税；企业所得税经审批后可以在总公司汇算清缴。
《营业税暂行条例》规定，纳税人提供应税劳务，应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报纳税。但是，纳税人提供的建筑业劳务以及国务院财政、税务主管部门规定的其他应税劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。
《营业税暂行条例实施细则》规定，纳税人应当向应税劳务发生地、土地或者不动产所在地的主管税务机关申报纳税。自应当申报纳税之月起超过6个月没有申报纳税的，由其机构所在地或者居住地的主管税务机关补征税款。
按照这一规定，纳税人提供建筑业或者租赁业劳务，采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天。也就是说，企业收到预收款时就发生了纳税义务，应到当地税务机关缴税。但是，目前税务机关对外地的施工企业，一般是采取开票征税的管理模式，纳税义务发生时间与企业缴税时间往往不一致，企业缴税时间通常要滞后于纳税义务发生时间。
另外，建设方一般要求建筑企业隔一段时间，或是支付款项达到一定金额，才开具一次发票；而不是每收到一笔施工款就开具一张发票。正因为建筑施工业务的这一特点，才有了《营业税暂行条例实施细则》中6个月期限的规定，即发生纳税义务起6个月内到劳务发生地税务机关申报缴税，如果6个月内仍未缴税，则征税管辖权由建筑企业机构所在地税务机关行使。
扩展阅读：
国家税务总局在综合了《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）以及《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）文件的基础上，充分考虑各地对建筑行业的实际征管状况，发布了《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号），对建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部的企业所得税纳税问题进行了规范。
企业所得税处理的三种情形
1.总机构直属的项目部跨区施工情形。一般由总机构与建设方签订施工合同，且直接以总机构的名义组织施工。施工企业凭有效的《外出经营活动税收管理证明》回机构所在地缴纳企业所得税。但是建筑企业总机构直接管理的跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），根据国税函[2010]156号文件规定，自2010年1月1日起，要按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。总机构扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。
对于一些手续不齐全的挂靠单位，若没有按税法规定的时间、程序开具《外出经营活动税收管理证明》以及开具的证明超过税法规定的有效期限的，或者没有向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税，其工程项目所得税由工程所在地税务机关结合当地实际就地征收。
2.二级分支机构的异地施工情形。具体可分两种情况处理：
属于跨省经营的，根据国家税务总局《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税，分支机构应在项目所在地按月或按季度预缴企业所得税。例外的情形为新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。若总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
属于在同一省内经营的，国税发[2008]28号文件的第三十九条规定，居民企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地、市（区、县）设立不具有法人资格营业机构、场所的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国税局、地税局参照本办法联合制定。根据这一规定，各省均作出相关管理规定。如浙江省地税局、国税局、财政厅联合下发的《关于省内跨地区经营建筑安装企业有关所得税管理问题的通知》（浙地税发[2009]52号）规定，对不符合二级分支机构判定标准的非法人分支机构（如总机构直接设立的项目公司、工程部等），若同时符合以下3个条件，该分支机构在向施工地税务机关报验登记后，其经营所得由总机构统一计算缴纳企业所得税，分支机构在施工地不预缴企业所得税：
（一）分支机构未在施工地领取非法人营业执照；
（二）分支机构持有总机构主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》；
（三）由总机构出具并由总机构主管税务机关确认的该分支机构在财务、业务、人员等方面纳入总机构统一核算和管理的证明。
对三级及以下分支机构（如二级分支机构设立的项目公司、工程部等），持《外出经营活动税收管理证明》向施工地税务机关报验登记，并提供由总机构出具并经总机构和二级分支机构主管税务机关确认的该分支机构在财务、业务、人员等方面纳入二级分支机构统一核算和管理的证明后，该分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资总额和资产总额统一计入二级分支机构。
3.分支机构直属的项目部跨区施工情形。建筑企业跨地区在二级分支机构之下设立的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），若以分支机构名义与建设方签订合同并组织施工，则其收入汇总计入该分支机构，适用国税发[2008]28号文件的分级管理规定计算缴纳企业所得税。