公司股份退股的处理方式是，如果股东是通过转让股权退股的，公司需要依法为其办理变更手续吗，发给新股东出资证明文件；如果股东是通过请求公司回购股份来退股的，则公司需要依法与该股东达成回购协议。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
第七十四条
有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
(二)公司合并、分立、转让主要财产的；
(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。