医疗保险补缴的程序有:

一、医保机构征缴部门根据医疗保险欠费情况,建立欠费数据信息,填制《社会保险费补缴通知单》,通知参保单位补缴欠费。

二、对因筹资困难,无法一次足额缴清欠费的参保单位,医保机构征缴部门与其签订社会保险补缴协议。如欠费单位发生被兼并、分立、破产等情况时,按下列方法签订补缴协议。

1、欠费单位被兼并的,与兼并方签订补缴协议。

2、欠费单位分立的,与各分立方签订补缴协议。

3、欠费单位进入破产程序的,与清算组签订清偿协议。

4、单位被拍卖出售或租赁的,与主管部门签订补缴协议。

三、参保单位根据《社会保险费补缴通知单》或补缴协议办理补缴,医保机构征缴部门予以受理,并通知医保机构财务管理部门收款。

四、破产单位无法完全清偿的欠费,医保机构征缴部门受理单位破产清算组提出的申请,审核后送稽核监督部门处理。

五、医保机构征缴部门依据财务管理部门传来的补缴欠费到账信息和稽核监督部门传来的核销信息,调整参保单位欠费信息。