首先，协议书和报到证一般只有两年的有效期，超过则效力尽失，所以应该在两年内尽量找到接收单位并办妥相关手续，哪怕是凑和先把档案落下也好。
其次，我很想知道，你现在如果有单位的话，单位性质概况是怎样的？将来有可能的就业环境（如可能跳槽或进入政府等）是怎样的？——这对给你的可行性建议比较重要些。
第三，我个人感觉你如果是正规统招入学的话，毕业时的档案是不应该交到你个人手中的，除非是个杂牌学校（请原谅，正规大学是不会将档案直接交到毕业生手中的，哪怕是有个第三方的虚假协议单位接收也可以，但就是不允许直接交给本人，这是国家档案管理的基本原则）。现在既然档案在你手中，如果刚毕业不久，可以再联系原学校，一般可以补发协议书的，你可以据此与新的接收单位签订协议，新单位如果同意接收档案关系，可以直接通过地市级的人事局转移接收档案（根据你的情况，建议运用点关系沟通下，如果你就业还是在教育系统，那更得公关了）。
第四，抛开前期的档案不谈，现在关键是要知道你就业或意向就业单位是哪。如果是普通的企业，大多是参加社会统筹劳动保险，这类保险你学生档案的作用不大，一般开始可以放弃学生档案直接到劳动局办理招工手续劳动合同再增加保险，这时的档案是工人性质的，但不影响你退休或享受其他保险待遇。
第五，如果你现在的就业单位就是教育系统或政府的机关事业单位，目前山东省保险方面还有一个机关事业单位保险系统，缴费基数高，个人缴费低但待遇优厚，假如是进入这一类的保险，那你的学生档案就是必须要重视的了，现在不管教育厅教育局怎么答复你，如果你进入了机关事业单位，哪怕是你学校也不管了，报到证也无效了，也要想尽办法沟通公关一下，把档案落到工作单位所属的上级管理部门去，没有捷径，票子和人脉就是捷径。
第六，学生档案在你个人手中还有一个不便就是，在评聘各类职称的时候，尤其是人事局教育局进行评审那种，不是考试那种，这需要档案和学生的身份证明和就业时间、经历的核算，用途明显一些。
总之，如果你是个体或在一般企业就业，本身对职称等方面的意向不大，可以将学生档案存到就业单位去，只要按规定办理保险，未来的退休和医疗保障等影响不大。如果是就业到机关事业单位，就甭在这儿问了，尽快公关把档案交到教育部门或人事部门为妙～
祝一切顺利！