1、依职权排除。刑事诉讼法第五十四条第二款规定，在侦查、起诉、审判时发现有应当排除证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。实际上，该条文规定了侦查机关、检察机关、审判机关在办理案件过程中主动排除非法证据的义务。在侦查阶段，要求侦查人员对自己取得的证据进行否定，实践中可能性很小;在提请批准逮捕和移送审查起诉阶段，办案人员则应对证据收集的合法性进行严格审查。2、依申请排除。(1)申请主体。当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。(2)申请的形式。可以采取口头或书面的形式。(3)申请时间。刑事诉讼法解释第九十七条规定，人民法院向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的，应当在开庭审理前提出，但在庭审期间才发现相关线索或者材料的除外。可见，申请时间一般为开庭审理前，若是在庭审期间才发现相关线索或者材料的，也可以在庭审过程中提出。(4)申请条件。应当提供相关线索或者材料。对非法证据排除申请的处理1、公诉机关。公诉机关作为法律监督机关，对非法取证的行为进行监督是其法定职责。对于非法收集的证据，公诉机关在批准逮捕、审查起诉时，不能作为定案根据。刑事诉讼法第五十五条规定，人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见;构成犯罪的，依法追究刑事责任。2、审判机关。(1)开庭审理前，当事人及其辩护人、诉讼代理人申请人民法院排除非法证据的，人民法院应当在开庭前及时将申请书或者申请笔录及相关线索、材料的复制件送交人民检察院。(2)法庭审理过程中，当事人及其辩护人、诉讼代理人申请排除非法证据的，法庭应当进行审查。经审查，对证据收集的合法性有疑问的，应当进行调查;对于经过法庭审理，确认或者不能排除存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。没有疑问的，应当当庭说明情况和理由，继续法庭审理。当事人及其辩护人、诉讼代理人以相同理由再次申请排除非法证据的，法庭不再进行审查。当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。人民法院向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的权利。