提出行政许可申请的主要方式是:首先,申请人提出申请,必须有真实、明确的意思表示,不得含糊其辞,使行政机关难以判断。其次,对于法律、法规规定有申请期限的许可,申请应当在法定期限内提出。最后,代理人受申请人的委托提出申请,应当向行政机关出示能证明其身份的证件。

法律依据:《交通行政许可实施程序规定》 第九条

申请人可以委托代理人代为提出交通行政许可
申请,但依法应当由申请人到实施机关办公场所提出行政许可申请的除外。
代理人代为提出申请的,应当出具载明委托事项和代理人权限的授权委托书,并出示能证明其身份的证件。