个体工商户代发工资，需要代扣代缴个人所得税。
根据《个人所得税代扣代缴暂行办法》第二条：凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。
同时第四条规定：扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
（三）劳务报酬所得；
（四）稿酬所得；
（五）特许权使用费所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得；
（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。