扣减工程质保金的方式如下:1、在工程开始或者结束的时候,在工程款之外,单独收取质保金。2、按照合同约定每次付款的时候,在应付款金额乘以质保金比例的金额扣除不支付等方式。

法律依据

《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金,也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的,人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少当事人就迟延履行约定违约金的,违约方支付违约金后,还应当履行债务。