专项附加扣除办理申报流程包括两种途径,分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外,对其他五项扣除,可以选择在单位发放工资薪金时,按月享受专项附加扣除政策。

法律依据

《个人所得税法》第十一条居民个人取得综合所得,按年计算个人所得税;有扣缴义务人的,由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款;需要办理汇算清缴的,应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。 居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的,扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除,不得拒绝。 非居民个人取得工资、薪金所得,劳务报酬所得,稿酬所得和特许权使用费所得,有扣缴义务人的,由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款,不办理汇算清缴。