应由本人到发放工资所在地的税务机关进行申报,将二处工资合并计算应交个人所得税,扣除公司方已交数后补交差额数,如果发放单位属于不同税务机关的,任选一处即可。如果未自行申报的,税务机关可以追缴,本人还应承担相应的处罚。

法律依据

《个人所得税法》第十三条纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的,应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表,并缴纳税款。 纳税人取得应税所得,扣缴义务人未扣缴税款的,纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前,缴纳税款;税务机关通知限期缴纳的,纳税人应当按照期限缴纳税款。 居民个人从中国境外取得所得的,应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。 非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的,应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。 纳税人因移居境外注销中国户籍的,应当在注销中国户籍前办理税款清算。