由于非法经营同类营业罪的主体是国有企业的董事、经理利用职务便利所实施的职务犯罪，因此在司法实践中极易和贪污、受贿等其他职务犯罪相混淆，尤其是在经营活动中产生的损公肥私，获取非法利益等情况，更加难以区别。就如某国有企业经理和私营业主通过了一定的经营行为，获得了非法利益，粗看该国有企业经理冯某将应归企业所有的利润通过和私营业主李某勾结，将利润留在了李某公司的帐上，从而获得了非法利益，将本应属于企业的公款变成了其私有财产，应该认定为一种贪污行为，但由于该国有企业经理和私营私主确实通过了一定的经营行为获取了非法利益，而非假借经营行为或根据不存在经营行为，是通过“走帐”方式截留利润，因此该案只能认定为非法经营同类营业罪而不能认定为贪污罪。这也是在实际司法操作中为分清非法经营同类营业罪与贪污罪的根本区别。又如某国有工贸有限公司经理苏某贪污案，苏某利用职务便利，采取将其所在公司的业务从朋友的公司中走帐、截留国有公司经营利润，其朋友的公司并不参与实际经营，所有经营活动均由苏某一手操纵，因此苏某的行为构成贪污罪。从上述两个案例分析，非法经营同类营业罪与贪污罪区别的根本标志是：非法利益的取得途径。非法利益是通过实际经营行为取得，原则上认定为非法经营同类营业罪。相反，非法利益是假借经营行为或不存在实际经营行为而取得，则应认定为贪污罪。