能证明非法运营的证据有:1、未取得道路客运经营许可,擅自从事道路客运经营的证据;2、未取得道路客运班线经营许可,擅自从事班车客运经营的证据;3、使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路客运许可证件从事道路客运经营的证据;4、超越许可事项,从事道路客运经营的证据。

法律依据

《刑事诉讼法》第五十条可以用于证明案件事实的材料,都是证据。证据包括:(一)物证;(二)书证;(三)证人证言;(四)被害人陈述;(五)犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解;(六)鉴定意见;(七)勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录;(八)视听资料、电子数据。证据必须经过查证属实,才能作为定案的根据。