它们的区别主要表现在以下几个方面:①对象不同。经济效益审计的对象是各种经济资料和有关的技术经济资料、经营管理活动;而财务审计的对象仅仅是财会资料和财务收支活动。②目的不同。经济效益审计通过审查各种经济资料和技术经济资料,评价单位的经营管理活动是否经济,是否合理,是否有效益,并提出改进意见;而财务审计则审查财会资料是否真实正确,审计财务收支是否合理合法。③职能不同。经济效益审计具有建设性和防护性职能,以建设性为主;而财务审计具有防护性和建设性职能,以防护性为主。④依据的标准不同。经济效益审计的标准是有关法律、财经法规和制度,以及计划、目标、定额、技术经济指标、同行业同类指标;财务审计以有关法律、财经法规和制度为标准。⑤方法不同。经济效益审计除运用财务审计方法外,还利用经济数学方法和现代管理方法,既进行事后审计,也进行事前审计;财务审计则通过检查、调查和分析等方法,审查会计账薄和财务报表,分析财务指标,以事后审计为主。由此可见,经济效益审计是财务审计的深入和发展。开展经济效益审计往往从财务审计入手,即从审查资金、成本、利润的情况入手,然后再深入到全部经济活动和经营管理中去。