公诉案件法院退卷后处理方式如下:根据《刑事诉讼法》第198条规定和第200条的规定,在法庭审理过程中,检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查,并提出补充侦查建议的,人民法院可以延期审理,补充侦查应当在1个月以内完毕。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第二百二十三条规定:“审判期间,公诉人发现案件需要补充侦查,建议延期审理的,合议庭应当同意,但建议延期审理不得超过两次。人民检察院将补充收集的证据移送人民法院的,人民法院应当通知辩护人、诉讼代理人查阅、摘抄、复制。补充侦查期限届满后,经法庭通知,人民检察院未将案件移送人民法院,且未说明原因的,人民法院可以决定按人民检察院撤诉处理。

法律依据

《刑事诉讼法》第198条、第200条《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第二百二十三条